2. Không hoàn thuế đối với trường hợp hàng hóa xuất khẩu là sản phẩm tài nguyên, khoáng sản khai thác chưa chế biến thành sản phẩm khác, hoặc sản phẩm xuất khẩu là hàng hóa được chế biến từ tài nguyên, khoáng sản có tổng trị giá tài nguyên, khoáng sản cộng với chi phí năng lượng chiếm từ 51% giá thành sản xuất sản phẩm trở lên.
3. Dự án đầu tư: Bộ Tài chính yêu cầu không hoàn thuế đối với dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh không góp đủ vốn điều lệ như đã đăng ký; kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện khi chưa đủ các điều kiện kinh doanh theo quy định của Luật đầu tư hoặc không đảm bảo duy trì đủ điều kiện kinh doanh trong quá trình hoạt động; dự án đầu tư khai thác tài nguyên, khoáng sản được cấp phép từ ngày 1/7/2016 hoặc dự án đầu tư sản xuất sản phẩm hàng hóa mà tổng trị giá tài nguyên, khoáng sản cộng với chi phí năng lượng chiếm từ 51% giá thành sản phẩm trở lên theo dự án đầu tư.
4. Đối với trường hợp người nộp thuế có số thuế GTGT đầu vào lũy kế 12 tháng/4 quý liên tục chưa được khấu trừ hết, Bộ Tài chính yêu cầu chỉ thực hiện hoàn thuế đối với các trường hợp người nộp thuế có số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết phát sinh trước kỳ tính thuế tháng 7/2016 (đối với trường hợp kê khai theo tháng) hoặc kỳ tính thuế quý III/2016 (đối với trường kê khai theo quý) đủ điều kiện hoàn thuế theo hướng dẫn tại Khoản 1 Điều 18 Thông tư số 219/2013/TT-BTC.
5. Đối với hồ sơ hoàn thuế trước kỳ hoàn thuế tháng 7/2016 hoặc quý 3/2016 thuộc các trường hợp đã nêu trên, do thay đổi chính sách, rủi ro cao, Bộ Tài chính yêu cầu các cục thuế thực hiện kiểm tra trước, hoàn thuế sau đối với tất cả hồ sơ đề nghị hoàn thuế, đồng thời cục thuế thực hiện cập nhật đầy đủ, kịp thời các hồ sơ, kết quả kiểm tra của cục thuế vào hệ thống quản lý thuế tập trung của ngành Thuế (TMS) để Tổng cục Thuế thực hiện tiếp nhận giám sát trước khi cục thuế ban hành quyết định hoàn thuế.